Periode awal (1932-1995)
Wigan Athletic Football Club didirikan pada tahun 1932 menyusul dibubarkannya Wigan Borough tahun sebelumnya. Wigan Athletic sendiri sudah merupakan upaya pendirian klub kelima setelah - Wigan County, Wigan United, Wigan Town, Wigan Rovers dan Wigan Borough yang kesemuanya bubar.
Wigan membuat sejarah ketika mereka mengalahkan Carlisle United 6-1 di babak pertama Piala FA musim 1934-1935. Itu adalah rekor kemenangan terbesar suatu klub non liga atas klub anggota liga. Rekor itu bertahan hingga kini.
Pada tahun 1978 Wigan baru menjadi anggota Football League setelah terpilih masuk mengikuti divisi 4 menggantikan Southport yang terdegradasi. Setelah itu mereka banyak menghabiskan waktunya di kompetisi divisi 3 selama 10 tahun.
Sang Penyelamat, Dave Whelan
Pada tahun 1995, seorang jutawan lokal bernama David Whelan datang untuk mengambil alih kepemilikan klub. Saat itu Wigan masih bermain di divisi 3 (divisi 4 jika ditambah liga premier). Ambisi Whelan tidak main-main, ia ingin membawa Wigan untuk masuk ke Premiership, suatu pernyataan yang banyak ditertawakan orang pada waktu itu.
Langkah pertama Whelan terwujud pada tahun 1997 kala mereka menjuarai divisi 3 dan promosi ke divisi 2 dibawah manager John Deehan. Langkah mereka di divisi 2 terbukti jauh lebih berat walaupun begitu dengan gagah mereka sempat masuk playoff beberapa kali. Pergantian manager pun bergulir dari Deehan ke Ray Mathias, John Benson, Bruce Rioch, Colin Greenall dan Steve Bruce (kembali menjadi manager mereka nantinya). Kesemuanya belum mampu mengangkat Wigan keluar dari divisi 2. Steve Bruce sendiri meninggalkan Wigan untuk menjadi manager Crystal Palace pada saat dimana Wigan hampir dekat dengan promosi, ini yang membuat fans Wigan marah dan kecewa padanya saat itu.
Paul Jewell, mantan pemain Wigan, datang mengambil alih kursi manager dari Steve Bruce pada tahun 2001. Setahun berikutnya, tepatnya pada musim 2002-2003, Wigan menjuarai divisi 2 dan promosi ke divisi 1 (championship). Musim berikutnya, debut Wigan di divisi satu 2003-2004 mengejutkan orang dan mereka meraih posisi 7 klasemen, hanya 1 rangking lagi untuk masuk zona playoff. Musim 2004-2005, Wigan semakin mantap kali ini dan mereka akhirnya mencapai posisi runner up divisi satu dan berhak atas promosi ke Premier League untuk pertama kalinya dalam sejarah. Mimpi Whelan pun tercapai, 10 tahun sejak dia menyatakan ambisinya.
Debut di Premiership 2005-2006 juga cukup sensasional. Mereka sempat berada di posisi runner up liga sampai bulan November 2005. Performa bagus mereka juga diikuti di ajang Piala Liga, dimana mereka menembus sampai final dimana akhirnya mereka dikalahkan Manchester United 0-4. Di liga, mereka akhirnya menduduki peringkat 10 klasemen, suatu pencapaian yang baik sekali untuk tim yang baru promosi.
Musim 2006-2007 diawali dengan penjualan pemain bintang Wigan, seperti Jimmy Bullard (ke Fulham), Graham Kavanagh (ke Sunderland), Jason Roberts (ke Blackburn) dan Pascal Chimbonda (ke Tottenham). Sebagai gantinya mereka menarik Emile Heskey, Denny Landzaat, Chris Kirkland, Antonio Valencia, Kevin Kilbane, David Cotterill, Fitz Hall dan Emmerson Boyce. Pergantian materi tim yang cukup besar membawa pengaruh dengan performa Wigan yang tidak stabil. Beruntung akhirnya mereka bisa selamat pada pertandingan terakhir liga dengan menang melawan calon degradasi lainnya, Sheffiel United, dengan skor 2-1 walaupun harus bertanding dengan 10 pemain. Dengan kemenangan itu membuat Wigan duduk di peringkat 17 liga, satu peringkat diatas zona degradasi. Pada Mei 2007, Paul Jewell mengundurkan diri dan digantikan oleh asistennya Chris Hutchings.
Musim 2007-2008, Hutchings membawa masuk pemain-pemain berpengalaman seperti Titus Bramble, Antoine Sibierski, Mario Melchiot, Carlo Nash, Jason Koumas, Michael Brown, Andreas Granqvist dan memperpanjang kontrak peminjaman Antonio Valencia. Hutchings melepas pemain seperti Arjen De Zeeuw, Henri Camara (dipinjam) dan duo favorit fans Wigan, Lee McCulloch serta Leighton Baines. Pada awal liga mereka sebetulnya sempat bermain dengan cemerlang namun kemudian performa klub mulai menurun drastis saat memasuki bulan September 2007. Dengan posisi Wigan yang terletak di zona degradasi, Hutchings akhirnya dipecat dan digantikan sementara oleh asistennya Frank Barlow. Namun performa Wigan tidaklah terangkat, mereka kalah telak 0-4 saat tandang melawan Tottenham.
Pada 19 November 2007, klub mengumumkan bahwa Steve Bruce, manager Birmingham saat itu, telah kembali menjadi manager Wigan yang baru. Bruce dikabarkan mendapatkan gaji 2 juta pounds/tahun dan mempunyai misi untuk menyelamatkan Wigan dari degradasi. Wigan juga dikabarkan harus membayar 3 juta pounds kepada Birmingham sebagai kompensasi. Di awal tugasnya Steve Bruce, Wigan seri 1-1 dengan Manchester City di kandang untuk kemudian kalah mengkhawatirkan 1-4 dari rival mereka, Bolton. Performa Wigan baru sedikit terangkat setelah itu dengan kemenangan 5-3 atas Blackburn. Dengan penampilan yang mulai stabil, akhirnya Bruce berhasil membawa Wigan duduk di posisi 14 dan selamat dari degradasi.
Musim 2008-2009 diawali Bruce dengan pembelian beberapa pemain kunci bekas klubnya, Birmingham City, yaitu : Olivier Kapo dan Daniël de Ridder. Bruce juga menarik Lee Cattermole dari Middlesbrough dan meminjam pemain bertalenta Mesir, Amr Zaki
